运行
运行示例
示例1:基本用法
为分析设置必要的配置文件,包括样本数据的路径、试剂类型、基因组索引、GTF等。使用以下命令运行SeekSpace® Tools:
seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif
注:
--HE
为可选参数,如提供HE图片,需要指定HE图片路径。
示例2:支持跳过read处理步骤,对图片进行调整
seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif \
--alignment_file /path/to/demo/parameters.json \
--skip
注:
--outdir
为seekspacetools第一次分析后的目录路径。
软件参数说明
参数 |
参数说明 |
---|---|
–fq1 |
表达文库 R1 fastq数据路径。 |
–fq2 |
表达文库 R2 fastq数据路径。 |
–spatialfq1 |
空间文库 R1 fastq数据路径。 |
–spatialfq2 |
空间文库 R2 fastq数据路径。 |
–hdmifq |
HDMI文库 fastq数据路径。 |
–samplename |
样本名称。仅支持数字,字母和下划线。 |
–outdir |
结果输出目录。默认值:./。 |
–genomeDir |
STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSpace® Tools使用的STAR一致。 |
–gtf |
相应物种的gtf路径。 |
–core |
分析使用的线程数。 |
–chemistry |
试剂类型,每种对应一组 |
–skip_misB |
barcode不允许碱基错配,默认允许一个碱基错配。 |
–skip_misL |
linker不允许碱基错配,默认允许一个碱基错配。 |
–skip_multi |
舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads,默认纠错为比例最高的barcode。 |
–forceCell |
选⽤此参数,后⾯加⼀个预期的数值N,SeekSpace® Tools软件会按照UMI从⾼到低取前N个细胞。默认值:80000。 |
–min_umi |
细胞的最小UMI数,细胞的UMI数低于这个数值时会被丢弃。默认值:200。 |
–include-introns |
不启用时,只会选择exon reads⽤于定量;启用时,intron reads也会⽤于定量。 |
–star_path |
指定其他版本的STAR路径进行比对,版本需要与 |
–chip_id |
芯片ID。 |
–DAPI |
DAPI染色的组织图像(TIFF)。 |
–HE |
H&E染色的组织图像(TIFF)。 |
–alignment_file |
图片调整的参数文件。 |
–skip |
跳过read处理步骤,从图片调整处续跑。 |