运行

运行示例

示例1：基本用法

为分析设置必要的配置文件，包括样本数据的路径、试剂类型、基因组索引、GTF等。使用以下命令运行SeekSpace® Tools：

seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif

• 注：--HE为可选参数，如提供HE图片，需要指定HE图片路径。

示例2：支持跳过read处理步骤，对图片进行调整

seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif \
--alignment_file /path/to/demo/parameters.json \
--skip

• 注：--outdir为seekspacetools第一次分析后的目录路径。

软件参数说明

参数	参数说明
–fq1	表达文库 R1 fastq数据路径。
–fq2	表达文库 R2 fastq数据路径。
–spatialfq1	空间文库 R1 fastq数据路径。
–spatialfq2	空间文库 R2 fastq数据路径。
–hdmifq	HDMI文库 fastq数据路径。
–samplename	样本名称。仅支持数字，字母和下划线。
–outdir	结果输出目录。默认值：./。
–genomeDir	STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSpace® Tools使用的STAR一致。
–gtf	相应物种的gtf路径。
–core	分析使用的线程数。
–chemistry	试剂类型，每种对应一组--shift、--pattern、 --structure、--barcode和--sc5p的组合，可选值：DDVS； DDVS 对应SeekSpace® 单细胞空间转录组试剂盒；
–skip_misB	barcode不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_misL	linker不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads，默认纠错为比例最高的barcode。
–forceCell	选⽤此参数，后⾯加⼀个预期的数值N，SeekSpace® Tools软件会按照UMI从⾼到低取前N个细胞。默认值:80000。
–min_umi	细胞的最小UMI数，细胞的UMI数低于这个数值时会被丢弃。默认值:200。
–include-introns	不启用时，只会选择exon reads⽤于定量；启用时，intron reads也会⽤于定量。
–star_path	指定其他版本的STAR路径进行比对，版本需要与--genomeDir版本兼容，默认的--star_path为环境下的STAR。
–chip_id	芯片ID。
–DAPI	DAPI染色的组织图像(TIFF)。
–HE	H&E染色的组织图像(TIFF)。
–alignment_file	图片调整的参数文件。
–skip	跳过read处理步骤，从图片调整处续跑。