运行

运行示例

示例1:基本用法

为分析设置必要的配置文件,包括样本数据的路径、试剂类型、基因组索引、GTF等。使用以下命令运行SeekSpace® Tools:

seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif
  • 注:--HE为可选参数,如提供HE图片,需要指定HE图片路径。

示例2:支持跳过read处理步骤,对图片进行调整

seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif \
--alignment_file /path/to/demo/parameters.json \
--skip
  • 注:--outdir为seekspacetools第一次分析后的目录路径。

软件参数说明

参数

参数说明

–fq1

表达文库 R1 fastq数据路径。

–fq2

表达文库 R2 fastq数据路径。

–spatialfq1

空间文库 R1 fastq数据路径。

–spatialfq2

空间文库 R2 fastq数据路径。

–hdmifq

HDMI文库 fastq数据路径。

–samplename

样本名称。仅支持数字,字母和下划线。

–outdir

结果输出目录。默认值:./。

–genomeDir

STAR构建的参考基因组路径, 版本需要与SeekSpace® Tools使用的STAR一致。

–gtf

相应物种的gtf路径。

–core

分析使用的线程数。

–chemistry

试剂类型,每种对应一组--shift--pattern--structure--barcode--sc5p的组合,可选值:DDVS;
DDVS 对应SeekSpace® 单细胞空间转录组试剂盒;

–skip_misB

barcode不允许碱基错配,默认允许一个碱基错配。

–skip_misL

linker不允许碱基错配,默认允许一个碱基错配。

–skip_multi

舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads,默认纠错为比例最高的barcode。

–forceCell

选⽤此参数,后⾯加⼀个预期的数值N,SeekSpace® Tools软件会按照UMI从⾼到低取前N个细胞。默认值:80000。

–min_umi

细胞的最小UMI数,细胞的UMI数低于这个数值时会被丢弃。默认值:200。

–include-introns

不启用时,只会选择exon reads⽤于定量;启用时,intron reads也会⽤于定量。

–star_path

指定其他版本的STAR路径进行比对,版本需要与--genomeDir版本兼容,默认的--star_path为环境下的STAR。

–chip_id

芯片ID。

–DAPI

DAPI染色的组织图像(TIFF)。

–HE

H&E染色的组织图像(TIFF)。

–alignment_file

图片调整的参数文件。

–skip

跳过read处理步骤,从图片调整处续跑。