结果文件说明

以下是输出目录结构：每一行代表一个文件或文件夹，用 "├──" 表示，数字表示重要的输出文件。

./
├── Outs
│   ├── demo_report.html                           1
│   ├── demo_summary.csv                           2
│   ├── demo_aligned_DAPI.png                      3
│   ├── demo_aligned_HE.png (optional)             4
│   ├── demo_aligned_HE_TIMG.png (optional)        5
│   ├── demo_zarr                                  6
│   ├── demo_filtered_feature_bc_matrix            7
│   │   ├── barcode.tsv.gz
│   │   ├── feature.tsv.gz
│   │   ├── matrix.tsv.gz   
│   │   └── cell_location.tsv.gz                   8
│   └── clustering
│       └── demo.rds                               9
└── Analysis
    ├── scRNA-seq_Analysis
    │   ├── step1
    │   ├── step2                                                
    │   │   ├── featureCounts                   
    │   │   │   └── demo_SortedByName.bam      
    │   │   └── STAR                            
    │   │       ├── demo_Log.final.out          
    │   │       └── demo_SortedByCoordinate.bam  
    │   └── step3
    │       ├── filtered_feature_bc_matrix          
    │       └── raw_feature_bc_matrix                
    ├── Spatial_Positioning
    │   ├── demo_valid_spatial_umis.csv.gz
    │   └── demo_spatial_umis_cleaned.csv.gz 
    └── Tissue_Detection  
        └── demo_bc_under_tissue.csv
    

                               

1. 样本的html报告

2. 样本的csv格式质控信息

3. 样本的DAPI染色图片

4. 样本的H&E染色高清图片（可选）

5. 样本的H&E染色略缩图（可选）

6. zarr格式的样本结果

7. 细胞稀疏矩阵

8. 细胞空间坐标文件

9. rds格式的样本结果